El Ministerio de Educación Nacional, mediante la resolución número 01130 de 2017, sancionó a José Ricardo Caballero Calderón, en calidad de Representante Legal de la Fundación Universitaria San Martín y  a Martín Eduardo Alvear Orozco, Xiani Piedad Ocampo Cequeda y Antonio Sofán Guerra, integrantes del plenum de esa Institución.

A los procesados se les halló responsables de incumplir las órdenes, requerimientos e instrucciones que emitió el Ministerio de Educación Nacional, entre el 24 de diciembre de 2014 y el 2 de febrero de 2015, «con el propósito de obtener información tendiente a la oportuna elaboración del diagnóstico inicial de la institución, la adopción del plan de mejoramiento institucional, el decreto de medidas administrativas y su garantía de eficacia, además de la reanudación de la prestación del servicio educativo; dificultando en consecuencia el ejercicio de las facultades de inspección y vigilancia que estaban siendo desplegadas por esta Cartera Ministerial en un contexto de grave interrupción de la prestación del servicio educativo y afectación del derecho fundamental a la educación superior».

De acuerdo con sus facultades de inspección y vigilancia, y tras el cumplimiento al debido proceso, el Ministerio de Educación impartió las sanciones van entre 7 y 8 años y medio de inhabilidad.

Caballero Calderón,  como Representante Legal de la Fundación se le inhabilita por 7 años para ejercer cargos o contratar con instituciones de educación. Martín Eduardo Alvear Orozco, Xiani Piedad Ocampo Cequeda y Antonio Sofán Guerra fueron inhabilitados por 8 años y 6 meses para ejercer cargos o contratar con instituciones de educación.

La Fundación, como centro de enseñanza superior continuará funcionando como persona jurídica.